Manny, Diego und Sid erleben ihr bisher größtes Abenteuer, als ein Kataklysmus den ganzen Kontinent in Bewegung setzt (scheinbar wegen dem ewig eichelsuchenden Nager Scrat) und gewaltige Stücke in den Ozean abdriften lässt.

Vom Rest der Herde getrennt, nutzt das prähistorische Trio einen Eisberg als Schiffersatz. Dabei begegnen die Freunde allerlei exotischen Meeresbewohnern und müssen ihren gesamten Heldenmut aufbringen, um einige rücksichtslose Piraten zu bekämpfen. Währenddessen bringt Scrats Wiedersehen mit seiner Mutter ihn an Orte, an denen noch nie zuvor ein Hörnchen gewesen ist. Werden die Freunde ihrem Schicksal entkommen können und wohin führt sie diese globale Veränderung? Wird Scrat endlich seinen Hunger stillen und die Nuss behalten dürfen?